De bewindhebbers van de Noordse Compagnie worden gekozen door de magistraten van de stad waar een kamer gevestigd is uit de hoofdparticipanten. De kamers zijn zelfstandige economische eenheden met eigen kapitaal, eigen schepen en een eigen traankokerij en behuizing in het vangstgebied. Er waren kamers in Amsterdam, Hoorn, Enkhuizen, Rotterdam en Delft. Vanaf 1616 nemen ook Zeeuwen deel in de Compagnie en krijgen ook Vlissingen, Middelburg en Veere een kamer. In 1636 worden twee Friese kamers opgericht: Harlingen en Stavoren.

Als Compagnie verdedigen de gezamenlijke kamers hun rechten tegen anderen die in het octrooigebied ter walvisvaart gaan, zo nodig gesteund door een of meer oorlogsschepen van de Admiraliteit. Ze maken ook afspraken om de traan niet beneden een afgesproken minimumprijs te verkopen; er staat een hoge boete op overtreding van deze afspraak. De kamers delen in elkaars winsten waardoor ze niet in verleiding komen onder de prijs te handelen. Deze kartelafspraken gaan vooral over traan, maar betreffen later ook balein. Participanten dragen per scheepsreis het risico voor de activiteiten van een bepaalde kamer. Kooplieden hebben vaak in meerdere kamers een aandeel.

Veel grote investeerders steken hun geld na de oprichting van de West-Indische Compagnie in 1621 liever in deze onderneming. Kleinere participanten blijven in de Noordse Compagnie. Na 1630 worden door de Compagnie ook wel schepen voor gezamenlijke rekening uitgereed.

Walvisvangst

Het vangstgebied van de Noordse Compagnie strek zich uit van de Straat Davis bij Newfoundland tot het Russische Nova Zembla. De walvisvaart is strikt seizoensgebonden. Schepen en bemanningen verlaten in juni de diverse havens van de Republiek. Na een drie weken durende reis arriveren zij in de kustwateren van Spitsbergen of Jan Mayen. In september of uiterlijk oktober keren de schepen weer naar de Republiek terug.

Al spoedig worden op Jan Mayen en Amsterdam-eiland, en wat later ook op het eilandje Zeeuwse Uitkijk, traankokerijen gebouwd waar het walvisspek wordt verwerkt. Dit scheelt bij het vervoer naar Nederland aanmerkelijk in laadruimte en stank. Het walvisvangststation op het Spitsbergse Amsterdam-eiland wordt dan Smeerenburg genoemd. Hierover is veel bekend geworden door archeologisch onderzoek dat rond 1980 door Nederlandse onderzoekers is verricht. Iedere kamer beschikt in Smeerenburg over eigen traanovens. Verder zijn er verblijfsgebouwen, werkplaatsen en een klein fort. In deze onherbergzame noordwesthoek van Spitsbergen liggen enkele honderden zeelui begraven die daar zijn gestorven gedurende de 17e eeuw.